El clima de la selva tropical amazónica en Ecuador se caracteriza por un promedio de 3.000 mm de lluvia al año y una temperatura promedio día-noche de 23 ° C , la región amazónica posee grandes extensiones de bosque tropical donde árboles como el ceibo, el sande y la caoba pueden fácilmente alcanzar más de 50 metros de altura. Sin embargo, hay zonas donde el agua reemplaza al suelo firme, los ríos se convierten de pronto en angostos canales, aparecen lagunas grandes y medianas, y la canoa es la única manera de movilizarse entre los árboles y la vegetación.
Pocas áreas protegidas en el mundo tienen tantas especies de plantas y animales. Su biodiversidad incluye 10 especies de monos y todos los grandes mamíferos amazónicos, como Tapir, 2 especies de venados todos los gatos amazónicos, incluyendo Jaguares y Pumas, Capibaras, 2 especies de Delfines, Manatíes, Nutria Gigante, etc. El número actual de especies de aves registradas es ahora más de 500. En el pico de la temporada húmeda, miles de hectáreas de bosques se inundan. Aquí existen comunidades de indígenas Siona, Secoya, Cofán, Kichwa y Shuar.